Su nombre está estrechamente relacionando con los orígenes del cristianismo, concretamente el 29 de junio del año 67 DC, cuando S. Pablo fue decapitado por orden de Nerón. Hay que recordar que en esa época solo se crucificaba a los judíos y, como S. Pablo era romano, no se le pudo llevar a cabo esta práctica. El lugar elegido fue una zona pantanosa de las afueras de Roma, su cabeza rebotó tres veces en el suelo y en cada lugar donde hizo contacto, y a distintos niveles, brotó agua surgiendo tres fuentes, siendo la causa de su nombre actual.El emperador Diocleciano, siglos después, dispuso un decreto para apartar a los cristianos de las legiones romanas. Estos eran enviados a Roma, donde eran destinados como esclavos a trabajar en la construcción de las termas imperiales.A su conclusión, como perseveraron en su fe y no renunciaron al cristianismo, el 9 de julio de 298, 10203 cristianos con el tribuno Zenón al frente, fueron decapitados en esa zona del valle. Esta decapitación masiva fue la última gran ejecución de cristianos ya qué el siguiente emperador, Constantino, se convirtió al cristianismo y puso fin a esta práctica.

Hay crónicas que apuntan a que la primera iglesia fue construida en honor a S. Pablo en el siglo IV. Aunque la primera comunidad se asentó en la segunda mitad del siglo VI, cuando el gobernador de Italia, el General Narsés, en nombre del emperador Justiniano, construyó un monasterio anexo a la iglesia de S. Pablo Extramuros. Como era bizantino, dio refugio a monjes griegos que huían de la invasión de Cilicia por los árabes.

Hay documentos que se refieren a donaciones hechas por distintos Papas, entre los siglos VIII y el XI, a esta comunidad, por lo qué se supone que era para ellos de gran importancia. La más conocida es, sin duda, la hecha por el Papa León III y Carlomagno. Este, sitiando una ciudad que no podía conquistar ordenó, a través de León III, llevar las reliquias de S. Anastasio y con ello redujo al enemigo. En agradecimiento, los dos, firmaron un acuerdo conjunto entregando al monasterio de  Tre Fontane los territorios de Ansedonia, Orbetello, Monte Argentario, Marsigliana y la isla de Giglio. Hicieron efectivo sus derechos feudales hasta el siglo XIII aún qué, con todo esto, sufrió una lenta decadencia. Los cluniacenses se habían convertido en una orden monástica muy poderosa y Gregorio VII entregó a esta orden la abadía y sus posesiones. Después, en 1140, con la llegada del Papa  Inocencio II, quitó el monasterios a los cluniacenses (diezmados por la malaria y el apoyo al cisma de Anacleto II) y lo entregó a los cistercienses.

Se restauran los edificios. El primer abad fue Bernardo Paganelli, posteriormente Papa bajo el nombre de Eugenio III.

En 1161 es cuando se menciona por primera vez las tres iglesias que forman parte de la abadía de Tre Fontane. Dependían de Clairvaux, el renovado y creciente poder de los cistercienses la hizo entrar en una época floreciente. En 1306 se completan las obras con la construcción del claustro y la sala capitular, fundan cinco abadías dependientes (hijas).

En 1808, con la invasión de las tropas napoleónicas, se vieron obligados a abandonar el monasterio. El saqueo, la dispersión del patrimonio y la infección de la zona por la malaria lo llevaron al cierre y abandono total. Los archivos y los textos y códigos de la biblioteca fueron transferidos a las bibliotecas del Vaticano y Casanatese.

Con la restauración del gobierno papal, en 1826 el Papa León XII visitó la abadía y, consternado por el abandono, confió su restauración a los franciscanos. Con el estado de deterioro y el clima insalubre del lugar, en muy poco tiempo cesaron en su empeño.

En 1867, el Papa Pio IX logró recaudar fondos, con ayuda de algunos benefactores, para su reconstrucción. Con una comunidad mínima de 14 miembros fue confiada a los trapenses para que se encargaran de la restauración de los edificios y el saneamiento del terreno.

Monjes llegados de la Grande Trappe comenzaron los trabajos de restauración de los edificios con medidas radicales tales como la construcción de un sistema de drenaje de aguas estancadas que amenazaban los cimientos de las estructuras construidas. Con la condición de plantar 125.000 eucaliptos para recuperar el terreno pantanoso afectado por la malaria, los monjes consiguieron el arrendamiento perpetuo de 450 hectáreas de terreno circundante. Con la cobertura de un estanque, mosquiteros y la quinina se puso fin a este mal en el año 1900.

El eucalipto se utiliza en la elaboración de sus licores y ahora también en su cerveza Tre Fontane Tripel. En Febrero de 2015 consiguieron el sello de “Authentic Trappist Product”. Ese año alcanzaron un producción de su cerveza trapense de 800 Hl aproximadamente. Esperan en el 2016 alcanzar los 1000 Hl anuales que es su objetivo final y permanente.